建立健全保管制度是對人事檔案進行有效保管的關鍵。其基本內容大致包括五部分：材料歸檔制度；檢查核對制度；轉遞制度；保衛保密制度；統計制度。
(1)材料歸檔制度。新形成的檔案材料應及時歸檔，歸檔的大體程序是：首先對材料進行鑒別，看其是否符合歸檔的要求；其次，按照材料的屬性、內容，確定其歸檔的具體位置；再次，在目錄上補登材料名稱及有關內容；，將新材料放入檔案。
(2)檢查核對制度。檢查與核對是保證人事檔案完整、的重要手段。
檢查內容是多方面的，既包括對人事檔案材料本身進行檢查，如查看有無霉爛，蟲蛀 等，也包括對人事檔案保管的環境進行檢查，如查看庫房門窗是否完好，有無其他存放錯誤等。 檢查核對一般要定期進行。但在下列情況下，也要進行檢查核對：突發事件之后，如被盜、遺失或水災火災之后：對有些檔案發生疑問之后，如不能確定某份材料是否丟失。發現某些損害之后，如發現材料變霉，發現了蟲蛀等。 (3)轉遞制度。轉遞制度是關于檔案轉移投遞的制度。檔案的轉遞一般是由工作調動等原因引起的，轉遞的大致程序如下：取出應轉走的檔案；在檔案底賬上注銷；填寫《轉遞人事檔案材料的通知單》；按發文要求包裝、密封。 在轉遞中應遵循保密原則，一般通過機要交通轉遞，不能交本人自帶。另外，收檔單位在收到檔案，核對無誤后，應在回執上簽字蓋章，及時退回。
(4)保衛保密制度。具體要求如下：對于較大的企業，一般要設專人負責檔案的保管，應齊備必要的存檔設備。庫房備有必要的防火、防潮器材。庫房、檔案柜保持清潔，不準存放無關物品。任何人不得擅自將人事檔案材料帶到公共場合。無關人員不得進入庫房。嚴禁吸煙。離開時關燈關窗，鎖門。
(5)統計制度。人事檔案統計的內容主要有以下幾項：人事檔案的數量。人事檔案材料收集補充情況。檔案整理情況。檔案保管情況。利用情況。庫房設備情況。人事檔案工作人員情況。
