錦鯉常見魚病主要有水霉病、爛鰓病、腸炎病、豎鱗病等幾種。
1．水霉病（膚霉病、白毛病）癥狀病魚體表寄生有灰白棉絮無毛狀菌絲。防治方法①孔雀石綠0.2ppm～0.4ppm浸泡；②福爾馬林0.5ppm浸泡；③食鹽400ppm～500ppm和碳酸氫鈉400ppm～500ppm配成合劑，將病魚用小池集中施藥。
2．爛鰓病癥狀病魚行動遲緩，體色和頭部發黑，嚴重時鰓絲腐爛，鰓蓋有透明小窗。防治方法①漂白粉1ppm浸泡；② 呋喃西林1.5ppm～2ppm浸泡；③紅霉素0.3ppm浸泡；④硫酸銅0.5ppm～0.7ppm潑灑。
3．腸炎病癥狀體色發黑、肛門，腹部膨大、腹腔有黃色粘液外溢。防治方法①呋喃唑酮0.1ppm～0.7ppm浸泡，配合土霉素拌餌投喂；②呋喃唑酮1克～2克/100公斤，連續口服3天；③大蒜頭少量搗爛拌餌投喂，連續投喂3天。
4．豎鱗病（鱗立病、松鱗病）癥狀病魚體表粗糙、全身鱗片豎起如松球狀，鱗片基部水腫，內積有滲出液。防治方法①呋喃西林1ppm。②食鹽0.5%的水中飼養，停食2天，每天每尾用磺胺嘧啶0.6克配餌投喂。③食鹽2%水溶液浸洗10分鐘。④紅霉素2.0ppm～2.5ppm浸洗30分鐘～50分鐘。
鯉水族箱飼養的歷史并不長，通常是作為大型觀賞魚在水泥池或其他池塘飼養，作為家庭飼養的主要方式，水族箱飼養錦鯉也為廣大錦鯉愛好者所采用。