發展回顧：
1991年2月1日，中國南方航空成立，并開始與中國航空貨運公司利用安-12貨機聯合經營貨物運輸業務，重點對廣州白云機場貨物積壓的航線實行貨運加班或包機飛行。同年10月，運輸公司升格并改為南方航空公司營運部，貨運科升格為貨運處。
1996年1月4日，南航將貨運處等部門聯合重組為運輸部。5月4日，南航濕租俄羅斯貝加爾航空的兩架安－12貨機正式投入營運，兩架貨機首航天津，并陸續開通廣州至成都、沈陽、哈爾濱等航線。2000年3月，南航貨運用濕租亞特拉斯航空的波音747-400型飛機開通深圳-安克雷奇-芝加哥－深圳的貨運航線，正式開始使用全貨機經營。其自購的首架波音747-400F型貨機于2002年6月開始交付使用。
2007年1月11日，南航貨運進行業務重組，設立獨立的財務處、人力資源處等共十四個二級單位，并于2008年10月將貨運基地由深圳寶安國際機場遷至上海浦東國際機場。
2009年，南航貨運訂購的首架波音777-200型貨機交付使用，隨即在12月4日開通上海至法蘭克福的往返貨運航線。
2010年7月23日，為了推進南航廣州貨運轉運中心的建設，南航貨運開設了首條從廣州始發的貨運航線：廣州－阿姆斯特丹。
2010年11月3日，在荷蘭阿姆斯特丹舉行的國際航空貨運協會航空貨運論壇暨博覽會上，南航與天合貨運聯盟正式簽署了入盟對標協議。南航貨運按計劃加入天合聯盟貨運，成為中國加入國際航空貨運聯盟的航空公司。