泥鰍為多次性產卵魚類。在自然條件下，4月上旬開始繁殖，5～6月是產卵盛期，一直延續到9月還可產卵。繁殖的水溫為18～30℃，最適水溫為22～28℃。
雌鰍性成熟較雄鰍遲，體長5厘米時，雌鰍體內有一對卵巢，體長8厘米時，2個卵巢愈合在一起，成為1個卵巢，并由前端向后端延伸，這時整個卵巢發育開始成熟。
雌鰍懷卵量因個體大小不同而有很大差異。最小性成熟個體體長8厘米，懷卵量約2000粒左右，10厘米的懷卵量為7000～10000粒，體長12厘米的懷卵量12000～14000粒，體長15厘米的懷卵量為15000～18000粒，體長20厘米懷卵量為24000粒左右。懷卵量最多的可以超過6.5萬粒。卵圓形，卵徑0.8～1.0毫米左右，吸水后膨脹到1.3～1.5毫米，卵黃色，為半黏性，黏附力不強。由于卵在卵巢內成熟度不一致，每次排卵量約為懷卵數的50%～60%。
雄鰍最小性成熟個體體長在6厘米以上，性成熟較雌鰍早，雄鰍精巢一對，位于腹腔兩側，呈帶狀且不對稱，右側的精巢比左側的長而狹窄，重量也輕一些，當雄鰍體長為9～11厘米時，精巢內的精子約有億個。泥鰍產卵喜在雨后晴天的早晨，產卵前，雌鰍在前面游動．數尾雄鰍在其后緊追不舍，發情時，雌雄鰍多活動在水表面和魚巢周圍，當發情達到高潮時，雌雄鰍的頭部和軀體互相摩擦并相繼游出水面。雄鰍追逐糾纏雌鰍，并卷曲于雌鰍腹部，以刺激雌鰍產卵，同時雄鰍也排出精子，進行體外受精，這種動作因個體大小不同而次數也不相等，個體大的可在10次以上，受精卵先黏附在水草或其他附著物上，隨著水的波動，極易從附著物上脫落沉到水底。