需要加入適當的發酵菌種。發酵菌種根據不同種類配置不同的菌種。發酵后罐體內留有菌種，后期發酵不需要另外添加。生產過程是一個循環需要5~7天，連續發酵，每天出成品及每天進原料。
臭氣控制系統，有機肥發酵罐配有除臭裝置，采用先進的生物除臭系統，全程密閉處理。臭氣處理后變成符合環保要求的氣體排放。
除臭系統由引風機、水泵、噴淋系統、吸附系統、除臭塔以及各種連接管道組成，引風機將發酵過程中產生的臭氣（主要是NHH2S等）經管道吸進除臭塔，經過噴淋、吸附等處理后排除，噴淋水是循環水，用水量很少，經過一段時間后排出收集上地。
目前規模化養殖場有機肥生產主要采用條垛堆肥和槽式堆肥發酵方式，存在諸多問題。比如占地面積大。費人工，臭味大，工作環境惡劣，發酵效果受外界環境影響，發酵時間長，腐熟不徹底等。一般都沒有除臭系統，所以對環境氣體危害很大。