ISO9001質量管理體系認證流程，如以下所示：
1、前期準備工作：建立了文件化的質量管理體系；質量管理體系運行三個月以上；至少進行過一次內部質量管理體系審核與管理評審，且內審已覆蓋所有的 場所和標準條款；提供質量手冊及程序文件。
2、與相關人士進行信息交流。通過人員互訪、電話、傳真、電子郵件等方式相互了解，確定實施認證的初步意向和可行性。
3、提交認證申請。有意向的申請組織填寫《質量管理體系認證申請表》及其附件《認證信息調 查表》，認證公司進行評審通過后，將與申請組織進一步聯系，必要時進行現場訪問， 了解受審核方的基本情況和質量管理體系的建立與實施情況， 并作出書面報價。
4、簽訂合同。在獲得申請組織明確的合同簽定意向并通過了合同評審后，雙方簽訂《質量 管理體系認證服務合同》 ， 認證公司將指定審核組長自合同生效日起負責審核活動的開展與實施。
5、進入階段審核（預評審）。受審核方將正式發布的質量管理體系手冊、程序文件送交認證公司，由審核 組長根據認證要求在組織現場進行文件審查，并將審查結果書面告知受審核方。 如有不符合處，受審核方應作修改直至滿足相應要求為止。
7、進入第二階段審核（現場審核）。審核組將按照認證計劃實施現場審核。審核要求覆蓋申請認證全部范圍并符 合 ISO9001 質量管理體系標準的全部要求。以抽樣審核的方式進行。第二階段 審核將開出不符合項，并要求實施糾正。現場審核將給出書面的審核報告，宣布現場審核結果，告知是否予以推薦注冊。
8、進入發證后的監督（監督審核）。在證書有效期內安排3次監督審核。次監督審核在 6-9 個月內進行(從初審完成日期計算)，以后每一次不超過 12 個月，基本程序參照初次現場審核進行。根據監督審核結果，認證公司將作出保持、擴大、縮小、暫停、注消認證的決定。
9、進入復評（換證審核）。認證證書有效期屆滿時， 獲證方至少應提前 3 個月向認證公司提出復評申請， 復評合格后，換發新證書，復評程序與認證程序一致。復評可與有效期內的一次監督審核結合進行。