專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。適用裝載肉類、水果等貨物。冷藏集裝箱造價較高，營運費用較高，使用中應注意冷凍裝置的技術狀態及箱內貨物所需的溫度。
機械式冷藏集裝箱
機械式冷藏集裝箱是指設有制冷裝置（如壓縮式制冷機組、吸收式制冷機組等）的冷藏集裝箱。機械式冷藏集裝箱是技術最為成熟、應用最為廣泛的冷藏集裝箱，與其他冷藏集裝箱相比，它具有以下優點：
①調溫范圍廣，從常溫到一30℃左右都能調節。通用性強，能運輸不同溫度要求的貨物；
②自動控制方便；
③箱內溫度分布較均勻：
④適宜遠距離運輸，這是其相對于其他形式冷藏集裝箱的最突出的優點。
此外，有一種低壓冷藏集裝箱與氣調冷藏集裝箱類似，這種集裝箱是將果蔬置于低壓環境中進行儲運。箱內壓力為1333～10666 Pa，相對濕度90%～95%，溫度一2℃～+16℃。氧的含量為（0.1±0.03）%，要進行換氣，以便限制乙烯和 等有害氣體。低壓冷藏集裝箱由制冷系統、真空系統和動力系統組成。制冷系統用于降低溫度；真空系統用于排除箱中的空氣和水汽；動力系統用于柴油發電，供集裝箱用電。
冷藏冷凍集裝箱箱內的溫度升、降速度與箱內裝載貨物有關，當達到設定溫度范圍-18℃±3℃后，應維持其箱內溫度的穩定。但在計算冷藏箱不制冷時箱內溫升時，可采用如下經驗公式作為標準值計算
1）冷卻貨（不通風時）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷凍貨0.0067*（tw-tn) ℃/h
式中tw和tn分別為外界溫度和箱內溫度℃。