此外，有一種低壓冷藏集裝箱與氣調冷藏集裝箱類似，這種集裝箱是將果蔬置于低壓環境中進行儲運。箱內壓力為1333～10666 Pa，相對濕度90%～95%，溫度一2℃～+16℃。氧的含量為（0.1±0.03）%，要進行換氣，以便限制乙烯和 等有害氣體。低壓冷藏集裝箱由制冷系統、真空系統和動力系統組成。制冷系統用于降低溫度；真空系統用于排除箱中的空氣和水汽；動力系統用于柴油發電，供集裝箱用電。
氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
耗用冷劑式冷藏集裝箱
耗用冷劑式冷藏集裝箱泛指各種無須外接電源或燃料供應的冷藏集裝箱，包括水冰冷藏集裝箱、干冰冷藏集裝箱、液氮冷藏集裝箱、液體空氣冷藏集裝箱、液體二氧化碳冷藏集裝箱、冷板式冷藏集裝箱等。耗用冷劑式冷藏集裝箱的特點是在運輸過程中，不需要外接電源或燃料供應，無任何運動部件，維修保養要求低。主要缺點是無法實現連續制冷，儲冷劑放熱和消耗后必須重新充冷或補充，較難實現的溫度控制，制冷設備占用空間較大。耗用冷劑式冷藏集裝箱主要適用于小型冷藏集裝箱的短距離運輸。耗用冷劑式冷藏集裝箱只在區域性短途冷藏運輸中尚有使用，而在國際冷藏運輸中已無使用并有逐步被淘汰的趨勢。
冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。