氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
隔熱集裝箱在20世紀70年代前曾經是國際上冷藏保鮮貨物的主要運輸工具之一，隨著20世紀80年代之后機械式冷藏集裝箱的大量使用，隔熱集裝箱已逐步被更為靈活的機械式冷藏集裝箱所取代，但在某些具有穩定貨源的航線上仍有使用。
隔熱集裝箱是指不設任何同定的、臨時附加的制冷和或加熱設備的冷藏集裝箱。隔熱集裝箱具有良好的隔熱性能，為實現其保溫功能，必須有外接制冷或加熱設備，向箱內輸送冷風或熱風以達到保溫目的。
冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不高于-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。