機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統，會增加箱內貨物的干耗、脫水。
冷藏集裝箱（Reefer container）是指一種有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的特殊集裝箱。
冷藏集裝箱的基本類型有保溫集裝箱、外置式冷藏集裝箱、內藏式冷藏集裝箱、液氮和干冰冷藏集裝箱、冷凍板冷藏集裝等。
冷藏冷凍集裝箱箱內的溫度升、降速度與箱內裝載貨物有關，當達到設定溫度范圍-18℃±3℃后，應維持其箱內溫度的穩定。但在計算冷藏箱不制冷時箱內溫升時，可采用如下經驗公式作為標準值計算
1）冷卻貨（不通風時）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷凍貨0.0067*（tw-tn) ℃/h
式中tw和tn分別為外界溫度和箱內溫度℃。
⒈冷藏箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。
⒉在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降低制冷裝置的制冷效率。
⒊冷凍貨長距離運輸時，箱內設定溫度與設定溫度差不能超過3℃。若運送冷卻貨，其溫度誤差應不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集裝箱運送新鮮水果、蔬菜等，應及時打開新風口，進行通風換氣。但運送冷凍貨時，應關閉新風口。
⒌在運送紙盒包裝的冷卻貨時，應根據室外氣溫及濕度情況，及時進行通風，保持箱內空氣的干燥，防止包裝箱外表面凝露。