氣調冷藏集裝箱具有一般機械式冷藏集裝箱的所有制冷功能，同時裝有一種氣調設備，可以調節和控制箱體內的空氣成分，以減弱新鮮果蔬的呼吸強度，從而減緩果蔬的成熟進度，達到保鮮的目的。
氣調保鮮的關鍵是調節和控制貨物儲存環境中的各種氣體的含量。最常見的是用充氮降氧方法來降低環境中的氧氣含量，控制乙烯含量，減緩果蔬成熟。氣調冷藏集裝箱的氣密性要求較高，一般要求漏氣率不超過2m3/h。
采用氣調冷藏集裝箱運輸具有保鮮效果好、儲藏損失少、保鮮期長和對果蔬無任何污染的優點。但由于采用氣調設備后，技術要求高，冷藏集裝箱價格高，因此使用還不普遍。
機械式冷藏集裝箱
機械式冷藏集裝箱是指設有制冷裝置（如壓縮式制冷機組、吸收式制冷機組等）的冷藏集裝箱。機械式冷藏集裝箱是技術最為成熟、應用最為廣泛的冷藏集裝箱，與其他冷藏集裝箱相比，它具有以下優點：
①調溫范圍廣，從常溫到一30℃左右都能調節。通用性強，能運輸不同溫度要求的貨物；
②自動控制方便；
③箱內溫度分布較均勻：
④適宜遠距離運輸，這是其相對于其他形式冷藏集裝箱的最突出的優點。
冷藏集裝箱是指具有隔熱的箱壁（包括端壁和側壁）、箱門、箱底和箱頂，能阻止內外熱交換的集裝箱。冷藏集裝箱包括耗用冷劑式冷藏集裝箱、機械式冷藏集裝箱、制冷/加熱集裝箱、隔熱集裝箱以及氣調冷藏集裝箱等。
冷藏集裝箱（Reefer container）是指一種有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的特殊集裝箱。
冷藏集裝箱的基本類型有保溫集裝箱、外置式冷藏集裝箱、內藏式冷藏集裝箱、液氮和干冰冷藏集裝箱、冷凍板冷藏集裝等。