在條件較困難的地方，也可以用木制無菌箱代替超凈臺。無菌箱結構簡單，便于移動，箱正面開有兩個洞，不操作時用推拉式小門擋住，操作時可以將雙臂伸進去。正面上部裝有玻璃，便于在內部操作，箱內部裝有紫外線燈，從側面小門可以放進去器具和菌種等。
1.無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在18-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。 2.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。 3.嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。 4.無菌室應備有工作濃度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
無菌室一般為4 — 5 平方米、高 2.5 米的獨立小房間（與外間隔離），專辟于微生物實驗室內，可以用板材和玻璃建造。無菌室外要設一個緩沖間，錯開門向，以免氣流帶進雜菌。無菌室和緩沖間都必須密閉、室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法 1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內，一般采用121℃半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理 2． 火焰：接種針、接種環等可直接火焰 3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時 4． 一 般: 無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行 5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。
