置換稀釋設計對潔凈區域的空氣凈化系統的設計有很高的要求，而且必須考慮無菌室的布局和操作方式，還要為關鍵區間提供合適的局部單向空氣流動保護，需要注意與空氣凈化系統供應的空氣一樣，滿布空氣過濾器的單向流動罩產生的空氣流動也可以置換稀釋房間中空氣傳播的微粒，這種空氣流動會增加有效的房間空氣交換率，并有助于污染空氣置換稀釋。
無菌室內空氣置換稀釋污染系統設計時應注意：潔凈空氣供應的體積應足以抵消空間中不斷產生的微粒數，以此維持工藝操作的基本條件要求；室內空間供應的空氣應比普通維持條件下空氣更清潔；要求混合供應的清潔空氣應滿足去除房間內含有微粒的空氣，以達到室內空氣置換稀釋的作用。
無菌室內天花板應與風管、管道、燈具、風口等的安裝脫開，光滑、無裂縫，易于清洗。無菌室的門窗材料應選擇耐受性好、自然變形小、制造誤差小、容易控制縫隙、氣密性好的材料，采用雙層中空玻璃結構的雙層窗，既節約空間、又節約能源，還可以避免玻璃窗結露引起霉變，造成污染；窗盡量采用大玻璃，這樣可減少積灰點，又有利于清潔工作。
定期檢查室內空氣無菌狀況，數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。`霉菌總數均不得超過10個為 。
