無菌室內配置了百級超凈工作臺也并不是所有都可以進行實驗的，一般常規的菌落總數、微生物培養、血細胞培養、研究、干細胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進行。但是如果需要做致病，為了達到保護實驗室人員的問題，就必須得建造生物實驗室，使用生物柜進行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進行。
無菌室內空氣置換稀釋污染系統設計時應注意：潔凈空氣供應的體積應足以抵消空間中不斷產生的微粒數，以此維持工藝操作的基本條件要求；室內空間供應的空氣應比普通維持條件下空氣更清潔；要求混合供應的清潔空氣應滿足去除房間內含有微粒的空氣，以達到室內空氣置換稀釋的作用。
定期檢查室內空氣無菌狀況，數應控制在10個以下，發現不符合要求時，應立即徹底。/無菌室無菌程度的測定方法：取普通肉湯瓊脂平板、改良馬丁培養基平板各3個（平板直徑均9厘米），置無菌室各工作位置上，開蓋曝露半小時，然后倒置進行培養，測總數應置37℃溫箱培養48小時；測霉菌數則應置27℃溫箱培養5天。`霉菌總數均不得超過10個為 。
無菌室應保持清潔整齊，室內僅存放必須的檢驗用具如酒精燈、酒精棉、火柴、鑷子、接種針、接種環、玻璃鉛筆等。&不要放與檢測無關的物品。室內檢驗用具及凳桌等保持固定位置，不隨便移動。每2—3周用2%石炭酸水溶液擦拭工作臺、門、窗、桌、椅及地面，然后用3%石炭酸水溶液噴霧空氣，紫外燈半小時。
