無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。
1.無菌室應設有無菌操作間和緩沖間，無菌操作間潔凈度應達到10000級，室內溫度保持在18-24℃，濕度保持在45-65%。超凈臺潔凈度應達到100級。 2.無菌室應保持清潔，嚴禁堆放雜物，以防污染。 3.嚴防一切器材和培養基污染，已污染者應停止使用。 4.無菌室應備有工作濃度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新潔爾滅溶液，等等。
微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法 1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內，一般采用121℃半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理 2． 火焰：接種針、接種環等可直接火焰 3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時 4． 一 般: 無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行 5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。
無菌室前，應將所有物品置于操作之部位（待檢物例外），然后打開紫外燈30分鐘，時間一到，關閉紫外燈待用 進入無菌室前，必須于緩沖間更換過的工作服、工作帽及工作鞋。 操作應嚴格按照無菌操作規定進行，操作中少說話，不喧嘩，以保持環境的無菌狀態。 吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管，如吸管碰到手及其它未的物體，必須重 新 更 換 ，以 防污染 。
