防止污染是微生物學工作中十分關鍵的技術。一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。
無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。 需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。 工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
準備工作 1． 先進行無菌室空間的，開啟紫外燈30—60分鐘 2． 檢驗用的有關器材， 搬入無菌室前必須分別進會 3． 操作人員必須將手清洗，穿戴好無菌工作衣、帽和鞋，才能進入無菌室 4． 進入無菌室后再一次手部，然后才進行檢驗操作
無菌室前，應將所有物品置于操作之部位（待檢物例外），然后打開紫外燈30分鐘，時間一到，關閉紫外燈待用 進入無菌室前，必須于緩沖間更換過的工作服、工作帽及工作鞋。 操作應嚴格按照無菌操作規定進行，操作中少說話，不喧嘩，以保持環境的無菌狀態。 吸取菌液時，必須用吸耳球吸取，切勿直接用口接觸吸管，如吸管碰到手及其它未的物體，必須重 新 更 換 ，以 防污染 。
