無菌室應定期用適宜的液清潔，以保證無菌室的潔凈度符合要求。
需要帶入無菌室使用的儀器，器械，平皿等一切物品，均應包扎嚴密，并應經過適宜的方法。
工作人員進入無菌室前，必須用肥皂或液洗手，然后在緩沖間更換專用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭雙手)，方可進入無菌室進行操作。
無菌室內的地面、墻壁必須平整，不易藏污納垢，便于清洗。工作臺的臺面應該處于水平狀態。無菌室和緩沖間都裝有紫外線燈，無菌室的紫外線燈距離工作臺面 1 米。工作人員進入無菌室應穿滅過菌的服裝，戴帽子。
要求
1．工作室應矮小、平整，面積只需4米2左右，高2.2—2.3米，內部裝修應平整、光滑，無凹凸不平或棱角等，四壁及屋頂應用不透水之材質，便于擦洗及
2．室內采光面積大，從室外應能看到室內情況。
3．為保證無菌室的潔凈，無菌室周圍需設緩沖走廊，走廊旁再設緩沖間，其面積可小于無菌室。
4．無菌室、緩沖走廊及緩沖間均設有日光燈及供空氣用紫外燈，紫外燈離工作臺以1米為宜 ，其電源開關均應設在室外。
5．無菌室與緩沖間進出口應設拉門，門與窗平齊，門縫要封緊，兩門應錯開，以免空氣對流造成污染。
操作過程注意事項
1． 動作要輕，不能太快，以免攪動空氣增加污染；玻璃器皿也應輕取輕放，以免破損污染環境
2． 操作應在近火焰區進行。
3． 接種環、接種針等金屬器材使用前后均需灼燒，灼燒時先通過內焰，使殘物烘干后再灼燒
4． 使用吸管時，切勿用嘴直接吸、吹吸管，而必須用洗耳球操作。
5． 觀察平板時不好 開蓋，如欲沾取菌落檢查時，必需靠近火焰區操作，平皿蓋也不能 大開，而是上下蓋適當開縫。
6． 進行可疑致病菌涂片染色時，應使用夾子夾持玻片，切勿用手 直接拿玻片，以免造成污染，用過的玻片也應置于液中浸泡，然后再洗滌。
7． 工作結束，收拾好工作臺上的樣品及器材，用液擦拭工作臺。
