無菌室應每月檢查菌落數。在超凈工作臺開啟的狀態下，取內徑90mm的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化并冷卻至約45℃的營養瓊脂培養基約15ml，放至凝固后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，證明無菌后，取平板3～5個，分別放置工作位置的左中右等處，開蓋暴露30分鐘后，倒置于30～35℃培養箱培養48小時，取出檢查。100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落。如超過限度，應對無菌室進行徹底，直至重復檢查合乎要求為止。
無菌室空氣凈化工程是屬于生物凈化工程的一種，一般無菌室要求的潔凈度為萬級，標準的微生物檢測實驗室都會專門開辟5~8個平方出來建造無菌室，無菌室只要夠放置實驗室樣品及必需的設備即可，面積無需過大而造成浪費，面積過大對于做無菌室空氣凈化工程來說不僅僅是提高建造成本而已，日后的運行及維護費用也會高的令人驚訝。一般微生物檢測按照實驗室行業要求都需要在無菌室中進行，很多食品菌、微生物等都是在超凈工作臺中完成檢測和化驗的。
無菌室內配置了百級超凈工作臺也并不是所有都可以進行實驗的，一般常規的菌落總數、微生物培養、血細胞培養、研究、干細胞研究、大腸菌等實驗可以在百級超凈臺進行。但是如果需要做致病，為了達到保護實驗室人員的問題，就必須得建造生物實驗室，使用生物柜進行實驗。該類實驗不能在普通的無菌實驗室中進行。
微生物檢驗用器材及場所必須進行或處理，不同的對象采用不同的處理方法 1． 高壓蒸汽: 工作服、口罩、稀釋液等，置高壓鍋內，一般采用121℃半小時,當然不同的培養基有不同的要求,應分別處理 2． 火焰：接種針、接種環等可直接火焰 3． 高溫干燥： 各種玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小時 4． 一 般: 無菌室內的凳、工作臺、試管架、天平、待檢物容器或包裝均無法進行，必須用其他方法進行處理，采用2%石炭酸或來蘇兒水溶液擦拭，工作人員的手也用此法進行 5． 空氣的： 開啟紫外燈照射30—60分鐘 即可。
