側柏是喬木，高達20余米，胸徑1米；樹皮薄，淺灰褐色，縱裂成條片；枝條向上伸展或斜展，幼樹樹冠卵狀尖塔形，老樹樹冠則為廣圓形；生鱗葉的小枝細，向上直展或斜展，扁平，排成一平面。
葉鱗形，長1-3毫米，先端微鈍，小枝中央的葉的露出部分呈倒卵狀菱形或斜方形，背面中間有條狀腺槽，兩側的葉船形，先端微內曲，背部有鈍脊，尖頭的下方有腺點。
雄球花黃色，卵圓形，長約2毫米；雌球花近球形，徑約2毫米，藍綠色，被白粉。
球果近卵圓形，長1.5-2（-2.5）厘米，成熟前近肉質，藍綠色，被白粉，成熟后木質，開裂，紅褐色；中間兩對種鱗倒卵形或橢圓形，鱗背頂端的下方有一向外彎曲的尖頭，上部1對種鱗窄長，近柱狀，頂端有向上的尖頭，下部1對種鱗極小，長達13毫米，稀退化而不顯著。
種子卵圓形或近橢圓形，頂端微尖，灰褐色或紫褐色，長6-8毫米，稍有棱脊，無翅或有極窄之翅。花期3-4月，球果10月成熟。