結構設計
為了保證氣流幾乎不受干擾，就必須進行結構設計，必要的謹慎可以防止房間里任何地方的灰塵積累。
設計方案
要確定設計方案，必須先對房間的工作性質以及其中的氣流條件進行認真的考慮。發塵量大的車間不宜采用地面送風形式，潔凈度要求高的車間應盡可能遠離其它車間。
材料選擇
作為潔凈室頂棚，墻面和地板的材料必須是不宜破裂、不易沾顆粒，以及幾乎不起塵的材料，另外根據房間不同的工作條件，還必須考慮材料的化學性能是否穩定。
壓力和氣流
為了保證房間的潔凈度，必須防止外面污染氣流進入室內，要達到這個目的，房間里必須保持正壓。為了獲得所要求的房間壓力，必須補充適當的新鮮空氣。
工程設計不合理
這種現象比較少見，主要是在一些小型的凈化級別要求不太高的潔凈室建造上。現在凈化的競爭比較激烈，一些施工單位為了獲得工程，在投標中給出了較低的報價。在后期施工中，利用一些單位不太懂行的情況，偷工減料，使用功率較低的空調通風壓縮機組，使送風功率與凈化面積不匹配，導致潔凈度不合格。
凈化空調系統沒有清掃干凈
在施工過程中，整個凈化空調系統，尤其是送、回風管道都不是一次完成，施工人員和工環境都會造成通風管道和過濾器的污染。如不清潔干凈，將直接影響檢測結果。改進措施是，邊施工邊清潔，面前一段管道安裝完成清潔后，可用塑料薄膜密封，避免環境等造成的污染。
過濾裝置性能
室內空氣凈化主要靠過濾裝置，經過優良的過濾器可以保證向室內輸送潔凈空氣。對5μm以上顆粒濾除效果達到99、99%以上，可有效去除空氣中的各種顆粒，否則不能保證對微生物的潔凈效果。
足夠的換氣次數
由于潔凈實驗室內人員及操作活動，可以不斷產生塵埃和顆粒，這些顆粒需要不斷的換氣將其帶走，如果沒有足夠的換氣量，將會使室內顆粒濃度越來越高。
