凈化空調系統沒有清掃干凈
在施工過程中，整個凈化空調系統，尤其是送、回風管道都不是一次完成，施工人員和工環境都會造成通風管道和過濾器的污染。如不清潔干凈，將直接影響檢測結果。改進措施是，邊施工邊清潔，面前一段管道安裝完成清潔后，可用塑料薄膜密封，避免環境等造成的污染。
房間需要密閉
無論正壓或負壓實驗室，維護較高潔凈度的設備運行效果需要良好的密閉性作為保證。正壓實驗室壓力高于室外大氣壓，可以防止室外大氣顆粒進入。但負壓實驗室則室外大氣顆粒非常容易經過建筑不嚴密處向內滲透，需要靠實驗室嚴密性和負壓梯度來確保工作區潔凈。
過濾裝置性能
室內空氣凈化主要靠過濾裝置，經過優良的過濾器可以保證向室內輸送潔凈空氣。對5μm以上顆粒濾除效果達到99、99%以上，可有效去除空氣中的各種顆粒，否則不能保證對微生物的潔凈效果。
足夠的換氣次數
由于潔凈實驗室內人員及操作活動，可以不斷產生塵埃和顆粒，這些顆粒需要不斷的換氣將其帶走，如果沒有足夠的換氣量，將會使室內顆粒濃度越來越高。
合理的氣流組合
潔凈實驗室內的主要工作區處于潔凈空氣的上游方向，使得工作區域保持潔凈狀態。潔凈室氣流有層流（單向流）和亂流（非單向流）兩個基本形式。層流潔凈室自凈能力強，渦流少，易保持潔凈度；亂流潔凈室渦流多，粒子在室內停留時間長，不適合高潔凈度實驗室。
