三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入池依此順流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含蟲卵較多的糞便，糞便經發酵分解，松散的糞塊因發酵膨脹而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的糞皮、中層的糞液和下沉的糞渣。利用寄生蟲的比重大于糞尿混合液的原理使其自然沉降于化糞池底部。利用糞液的浸泡和翻動化解糞塊使其液化并截留糞渣于池底。厭氧發酵：化糞池的密閉厭氧環境，可以分解蛋白性有機物，并產生氨等物質，這些物質具有殺滅寄生蟲卵及病菌的作用。
貯糞池
貯糞池由二根過糞管連通的三個格室的密封池組成。根據其主要功能依次可命名為截留沉淀與發酵池、再次發酵池和貯糞池。三池之間由過糞管連接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管為。過糞管采用內徑為100～150mmPVC塑料管為宜，也可以用水泥預制、陶管等其它材料、要求內壁光滑。為防止堵塞，考慮糞池的大小與流量，可適當增加過糞管的數量。
用防濺式直通便器和水封便器則不必下接進糞管第二池頂應密封，但也要留有清渣口，第三池蓋頂留有出糞口，出糞口用蓋密封。
其它配套物品
潔凈衛生紙存放箱，便紙簍、掃帚及刷子，盛水器皿、照明設施、通風設備等。
進化糞池的人得帶好防毒面具和防毒服，還有得帶好帶，帶上要捆上一根能夠承重100公斤以上的繩子，繩子的另一頭捆在露在化糞池外的梯子上。
化糞池上面得有兩到三個人隨時注意化糞池里面的情況，要是下面情況不對的地方就把清掏化糞池的工作人員給拉上來。