保健酒在凈化處理工藝過程中，要比其他酒類要復雜得多，難度更大，更繁瑣。各企業由于品種的不同，藥材配伍的差異，在保健酒的處理工藝上也有不同的處理方法。
保健酒或藥酒的有效成份有生物堿類、甙類、黃酮類、萜類、甾醇類、皂甙類、氨基酸、維生素等等，以及白酒中各種香味物質。保健酒或藥酒，是靠兩種不同性的溶劑來溶解有效成份的。一種是性微弱的乙醇。另一種是性較強的水。無效成份主要有鞣質、蠟質、脂肪、膠體、淀粉、纖維素等等，以及白酒中高級脂肪酸乙酯。無效成份不僅影響酒的穩定性、保質期、酒體的純凈，而且還會影響酒的色澤、口感、香味。無效成份在酒液中呈現顆粒狀、微粒狀和大分子狀。
常規的過濾設備，如硅藻土過濾機、微孔膜精濾機、可以將顆粒狀，微粒狀的物質除去，而肉眼看不到的大分子物質很難除去，因此，酒質不穩定，保質期短、口感差，易發生渾濁、沉淀，特別是低度的保健酒和藥酒。由于酒精度低，醇溶性的物質溶解度相對降低。如生物堿類、甾醇、高級脂肪酸乙酯等。就會產生大分子物質，同時也使水溶性物質增加，如：多糖、淀粉、果膠等大分子物質、溶解于酒液中，常規的過濾設備很難除去這些大分子的物質，在外界條件的誘導下，如低溫、貨架期、大分子物質之間相互吸附，形成微粒，產生沉淀。
保健酒或藥酒在凈化后處理上，要比其它類的酒，要復雜，難度更大。當前只有冷凍法和超濾法有效。冷凍法是將酒液置于低溫下，如-10℃存放48小時。酒液中大分子物質在低溫下溶解度降低，相互之間絮凝，形成微粒，并在低溫下，通過常規的過濾機，就可以將它們除去。冷凍后的酒質、貨架期、保質期，不會再發生渾濁沉淀。
超濾法是在常溫下，酒液通過膜，將大分子微粒等物質一次性切割分離出來，大分子除去率在99.9%以上。濾后的酒體清澈透明，有光澤，濁度為零。貨架期、或保質期不會再發生渾濁沉淀。本超濾機是動態，錯流膜過濾。進入超濾機的酒液瞬間形成渦流、對流，使酒液中各種物質得到充分混合。然后通過納米級的微孔，強制分子間進行締合，例如，乙醇分子和水分子締合，還會使酒液中醇、酸生成酯等作用。因此，超濾出來的酒，口感柔和，味道純正、無水味、無雜味。有效成份不會減少。酒的綜合品質有很大的提高。
保健酒或藥酒出現保質期短，質量不穩定，適口性差，其主要原因是后處理凈化的方法有不妥的地方。例如，使用吸附法和加入澄清劑絮凝法，會有一定的局限性，掌握不好就無法徹底解決渾濁沉淀問題，甚至還會使中的有效成分發生生物化變化，降低有效成份。
