無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。
為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執(zhí)行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。
無菌實驗室墻壁與門窗
1、無菌實驗室的墻壁應采用、不吸水、不滲水、防霉、平滑、易清洗的淺色材料構筑，用此材料裝修高度應直至屋頂。
2、所有門窗結構應采用防銹、防潮、易清洗的密封框架。
空氣調節(jié)系統(tǒng)必須可靠運行，采用先進技術，合理利用和節(jié)約能源與資源，保證環(huán)境的質量和，為實驗人員提供所需要的溫度和濕度，保障生物實驗在的條件下進行，以確保實驗結果得準確性。同時它還必須控制實驗室的潔凈度，對新風進行過濾，使實驗室達到一定的凈化要求。其中排風系統(tǒng)是重點，對于保證實驗室相對負壓環(huán)境和有效過濾室內污染排風起著重要的作用。
由于潔凈實驗室-生物實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調試外，為確保其性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業(yè)的管理和使用，過濾器的更換等，都會對實驗室的性產生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。