準備室
準備室用于配制培養基和樣品處理等。室內設有試劑柜、存放器具或材料的專柜、實驗臺、電爐、冰箱和上下水道、電源等。
洗滌室
洗滌室用于洗刷器皿等。由于使用過的器皿已被微生物污染，有時還會存在病原微生物。因此，在條件允許的情況下，應設置洗滌室。室內應備有加熱器、蒸鍋，洗刷器皿用的盆、桶等，還應有各種瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結構。
為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。
無菌實驗室專辟于微生物實驗室內，室外室內裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩定性是無菌室的核心驗收指標。業內通行的驗收標準為100級潔凈區平板雜菌數平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，在通行標準之外，還應該定期保養與維護。只有建設時合理的選材指標，合適凈化等級和長期管理與維護，才能使無菌實驗室發揮其應有的作用。
由于潔凈實驗室-生物實驗室的實驗對象是危險性的微生物，出于嚴格控制污染的原則，它要求以少的維護人員，運用化的管理維護手段，來實時監控每一個實驗室中設備所處的物理環境，保證實驗室運行過程中始終處于相對負壓環境，防止危險性微生物外泄。