“拖尾”現象是電泳中常見的現象。這常常是由于樣品溶解不佳引起的，克服的辦法是在加樣前離心，選用合適的樣品緩沖液和凝膠緩沖液，加增溶輔助試劑。另一方法是降低凝膠濃度。 “紋理”現象常常是由于樣品中不溶顆粒引起的，克服辦法是增加溶解度和離心除去不溶性顆粒。
聚丙烯酰胺凝膠電泳可用做蛋白質純度的鑒定.聚丙烯酰胺凝膠電泳同時具有電荷效應和分子篩效應，可以將分子大小相同而帶不同數量電荷的物質分離開，并且還可以將帶相同數量電荷而分子大小不同的物質分離開。其分辨率遠遠高于一般層析方法和電泳方法，可以檢出10-9～10-12g的樣品，且重復性好，沒有電滲作用.
凝膠作為支持介質的引入大大促進了電泳技術的發展，使電泳技術成為分析蛋白質、核酸等生物大分子的重要手段之一。初使用的凝膠是淀粉凝膠，但目前使用得多的是瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺凝膠。蛋白質電泳主要使用聚丙烯酰胺凝膠。
電泳是指帶電顆粒在電場的作用下發生遷移的過程。許多重要的生物分子，如氨基酸、多肽、蛋白質、核苷酸、核酸等都具有可電離基團，它們在某個特定的pH值下可以帶正電或負電，在電場的作用下，這些帶電分子會向著與其所帶電荷極性相反的電極方向移動。