化糞池的清掏周期與糞便污水溫度、氣溫、建筑物性質及排水水質、水量有關。設計清掏周 期過短，則化糞池糞液濃度過高，與實際清掏周期差距過大，影響正常發酵和污水處理效果，甚至造成糞液漫溢，影響環境衛生。設計清掏周期過長，則化糞池容積過大，增加造價。
維護管理 （一）新池建成確認無滲漏，并養護兩周后正式啟用。 （二）使用中要控制用水量。 （三）及時清理糞皮和糞渣，在糞池內取出的糞渣須經堆肥法或化學法處理后再作肥料，第三池取出的糞水可直接用作肥料。 （四）保持化糞池蓋板的密封性，在清渣或取糞水時，不得在池邊點燈、吸煙等，以防發酵產生的沼氣遇火爆炸。
寄生蟲卵一般都集中在糞皮和糞渣中，因此，過糞管位置要放在寄生蟲卵較少的中層糞液。過糞管位置較好的設置應分別斜插安裝在兩堵隔墻上：其中池到第二池過糞管下端位置在池的下1/3處，上端在第二池距池頂100mm左右：第二池到第三池過糞管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2處、上端在第三池距池頂100左右，過糞管與隔墻的水平夾角應呈60度。
清理化糞池是化糞池定期清理。 [1] 化糞池，是處理糞便并加以過濾沉淀的設備。其原理是固化物在池底分解，上層的水化物體，進入管道流走，防止了管道堵塞，給固化物體（糞便等垃圾）有充足的時間水解。化糞池指的是將生活污水分格沉淀，及對污泥進行厭氧消化的小型處理構筑物。