寄生蟲卵一般都集中在糞皮和糞渣中，因此，過糞管位置要放在寄生蟲卵較少的中層糞液。過糞管位置較好的設置應分別斜插安裝在兩堵隔墻上：其中池到第二池過糞管下端位置在池的下1/3處，上端在第二池距池頂100mm左右：第二池到第三池過糞管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2處、上端在第三池距池頂100左右，過糞管與隔墻的水平夾角應呈60度。
二池的有效容積 應根據使用人數、糞便貯存發酵達到無害化所需的時間決定，一般要求、第二池的有效容積應保證糞便在其中能存留30天時間，在第三池存留30天。每人每天的糞尿排泄量約為1.5L，節水型便器的沖洗水量可按每天2.OL計算，所以、二池容積的計算量不能少于3.5L。第三池容積的大小視用周期而定，一般不小于和第二池之和。如果是水沖式的戶廁則貯糞池容積可適當放大。
第二池 起進一步發酵、沉淀作用，與池相比，第二池的糞皮和糞渣的數量減少，因此發酵分解的程度較低，由于沒有新糞便的進入，糞液處于比較靜止狀態，這有利于漂浮在糞池中的蟲卵繼續下沉。 第三池 主要起儲存糞液的作用。經前二格處理的糞液進入第三池，基本上已經不含寄生蟲卵和病原微生物，達到了糞便無害化要求，可以供農田直接施肥。
糞便無害化處理 是利用物理、化學或生物學的原理和方法以殺滅或去除糞便中的病原微生物、寄生蟲卵和控制蒼蠅孳生、消除惡臭、防止環境污染，同時還能保持糞便的肥效，處理后的糞便可以地應用于農業。