1996年，茅臺酒工藝被確定為國家機密加以保護。2001年，茅臺酒傳統工藝列入首批物質文化遺產。2006年，批準將“茅臺酒傳統釀造工藝”列入首批非物質文化遺產名錄，并申報世界非物質文化遺產。2003年2月14日，原國家質檢總局批準對“茅臺酒”實施原產地域產品保護 [1-2] 。2013年3月28日，原國家質檢總局批準調整“茅臺酒”地理標志產品保護名稱和保護范圍。
在此期間，要經歷重陽下沙、端午踩曲、長期貯存等工藝環節的淬煉，制酒生產一年一個生產周期，順應季節變換，歷經兩次投料、九次蒸煮、八次發酵、七次取酒；釀制而成的基酒還需在陶壇中經過三年以上的貯存，后，采用酒勾酒的方式將一百余種不同酒齡、不同香型、不同輪次、不同酒度等各有特色的基酒進行組合，形成了茅臺酒的典型風格。
茅臺酒工藝中的三長主要指茅臺酒基酒生產周期長；大曲貯存時間長；茅臺酒基酒酒齡長。茅臺酒基酒生產周期長達一年，須二次投料、九次蒸餾、八次發酵、七次取酒，歷經春、夏、秋、冬一年時間。而其它名白酒只需幾個月或十多天即可。茅臺酒大曲貯存時間長達6個月才能流入制曲生產使用，比其它白酒多存3－4個月，這對提高茅臺酒基酒質量具有重要作用，而且大曲用量大，是其它白酒的4－5倍。茅臺酒一般需要長達三年以上貯存才能勾兌，通過貯存可趨利避害，使酒體更醇香味美，加上茅臺酒高沸點物質豐富，更能體現茅臺酒的價值，這是其它香型白酒不具有的特點。
原料要求
茅臺酒生產所用高粱為糯性高粱，當地俗稱紅纓子高粱。此高粱與東北及其它地區高粱不同的是，顆粒堅實、飽滿、均勻，粒小皮厚，支鏈淀粉含量達88%以上，其截面呈玻璃質地狀，十分有利于茅臺酒工藝的多輪次翻烤，使茅臺酒每一輪的營養消耗有一合理范圍。茅臺酒用高粱皮厚，并富含2%－2.5%的單寧，通過茅臺工藝發酵使其在發酵過程中形成兒茶酸、香草醛、阿魏酸等茅臺酒香味的前體物質，后形成茅臺酒特殊的芳香化合物和多酚類物質等。這些有機物的形成與茅臺酒高粱及地域微生物群系密切相關，也是茅臺酒幽雅細膩、酒體豐滿醇厚、回味悠長的重要因素，特別值得一提的是茅臺酒富含一定的多酚類物質，適量飲用，不傷肝。