一、開發流程
小程序定制開發的流程考慮到用戶的不同需求相對會復雜一些，開發期間的技術支持也需要相關人員的操作。而小程序模板開發較為簡單，只需要付費下載模板就可以開發，但模板的功能是不能根據用戶需求進行改變的。
二、開發效果
小程序定制開發的效果是根據企業商家的特點來進行定制的，因此在營銷上更能很好的發揮自身的優勢。而小程序模板缺乏個性，其功能效果都是統一的，但如果是要快速開發的話選擇模板開發也不失為過。
三、開發費用
選擇小程序定制化開發方式，無論是開發難度還是開發周期都要比模板開發更高，因為開發功能較多、開發服務比較完整等因素，由此產生的人力成本自然也更高。
四、后期維護
小程序定制開發的數據管理更完善，也更系統更高些，而且擁有開發源碼以及服務器，還能進行二次開發。而模板開發則支持一些基礎性和普遍性的功能，并且不能向開發者提供源碼來保證數據的性以及方便二次開發。