煤炭司 擬訂煤炭開發、煤層氣、煤炭加工轉化為清潔能源產品的發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔煤炭體制改革有關工作，協調有關方面開展煤層氣開發、淘汰煤炭落后產能、煤礦瓦斯治理和利用工作。
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石油天然氣司（國家石油儲備辦公室） 擬訂油氣開發、煉油發展規劃、計劃和政策并組織實施，承擔石油天然氣體制改革有關工作，承擔國家石油、天然氣儲備管理工作，監督管理商業石油、天然氣儲備。 新能源和可再生能源司。 指導協調新能源、可再生能源和農村能源發展，組織擬訂新能源、水能、生物質能和其他可再生能源發展規劃、計劃和政策并組織實施。
綜合司 負責文電、會務、機要、檔案、督查、財務、資產管理等機關日常運轉工作，承擔政務公開、保密、信訪，以及能源行業統計、預測預警等工作，承擔國家能源委員會辦公室的綜合協調工作。
