組織形式
郵政運輸的傳統操作理論是接力式傳送。航空快遞公司則大多都采用中心分撥理論或稱轉盤分撥理論組織起全球的網絡。簡單來講就是快遞公司根據自己業務的實際情況在中心地區設立分撥中心（Hub）。各地收集起來的快件，按所到地區分撥完畢，裝上飛機。當晚各地飛機飛到分撥中心，各自交換快件后飛回。第二天清晨，快件再由各地分公司用汽車送到收件人辦公桌上。這種方式看上去似乎不太合理，但由于中心分撥理論減少了中間環節，快件的流向簡單清楚，減少了錯誤，提高了操作效率，縮短了運送時間，被事實證明是經濟、有效的。
使用單據
航空貨運使用的是航空運單，郵政使用的是包裹單，航空快遞業也有自己的獨特的運輸單據——交付憑證（Proof of Delivery，POD）。交付憑證一式四份。聯留在始發地并用于出口報關；第二聯貼附在貨物表面，隨貨同行，收件人可以在此聯簽字表示收到貨物（交付憑證由此得名），但通常快件的收件人在快遞公司提供的送貨紀錄上簽字，而將此聯保留；第三聯作為快遞公司內部結算的依據；第四聯作為發件憑證留存發件人處，同時該聯印有背面條款，一旦產生爭議時可作為判定當事各方權益，解決爭議的依據。
貨物提取
1 、收貨人憑貨物提取聯及本人身份證或其他有效身份證件提取貨物（若由單位收取應一并出具加蓋單位公章的單位介紹信）
2 、收貨人委托他人提取貨物時，應憑空運單上的收貨人及被委托人的有效身份證件及提取人的身份證件提取貨物
3 、收貨人應到航空公司指定的提貨處辦理提貨手續，并付清所有應付費用
4 、貨物提取人應在航空貨運單和貨物提取記錄上簽字后方可提取貨物
5 、提貨人提取貨物時，應當面清點，發現貨物有丟失、短少、污染、損壞或延誤到達等情況，請當面向航空公司有關部門提出異議
6 、若收貨人提取貨物并在航空貨運單或航空快遞單上簽字而未提出異議，則視為按運輸合同規定貨物已完好交付。
集中托運
集中托運(Consolidation)可以采用班機或包機運輸方式，是指航空貨運代理公司將若干批單獨發運的貨物集中成一批向航空公司辦理托運，填寫一份總運單送至同一目的地。這種托運方式，可降低運費，是航空貨運代理的主要業務之一。
一般規定
1. 托運貨物時應檢查托運人的有效身份證件。按要求寫貨物托運書，明確是否保險，是否填寫聲明價值，并由托運人接貨人雙方簽字或蓋章。
2. 托運人對托運書的真實性，準確性負責。
3. 托運政府限制運輸及需要向公安，檢疫等政府部門辦理有關手續的貨物，應隨附有效證明。
4. 運輸條件不同或性質相互對立的貨物，應分別辦理托運手續。
5. 貨物包裝應適合航空運輸的要求，嚴禁用草袋包裝和草繩捆扎。
特殊物品運輸
1、活體動植物（或動植物制品）----需動植物檢疫站頒發的動植物檢疫證書。注：南航急件倉不收活體動植物，應交至貨臺，由南航開單。
2、麻醉藥品----需衛生部藥政管理局發的麻醉品運輸憑證。
3、音像制品----需省社會文化管理委員會辦公室發的音像制品運輸傳遞證明。
4、罐裝液體、粉狀物品----需出產廠家的物品性質證明。
5、海鮮----不同地方需要不同的海鮮包裝箱。南航和白云機場分別要用其指定的專用箱,單用泡沫箱不能裝機，需外加紙箱并打包帶。
6、玻璃必須訂封閉木箱，打三角架。
7、違禁品----爆炸品（如炸藥）、壓縮氣體和液壓氣體（如煤氣）、易燃易爆液體或固體、氧化劑和有機過氧化物（乒乓球）、毒品和感染性物品（如白粉）、放射性物品、腐蝕品（如硫酸）、磁性物品、麻醉物品、電池等；
