醫院自成立以來，致力于胃癌、乳腺癌、肺癌、結直腸癌、肝癌、食管癌、惡性淋巴瘤、惡性黑色素瘤、泌尿系統腫瘤、婦科腫瘤、頭頸部腫瘤、骨腫瘤、軟組織與腹膜后腫瘤等各種腫瘤的診斷、綜合和轉化研究。其中胃癌防治體系方面的研究兩次獲得了國家科技進步二等獎。
北京大學腫瘤醫院是全國腫瘤學博士學位授權點和博士后流動站。醫學教育涵蓋本科生、碩士生、博士生、博士后以及進修生、職工的繼續教育。每年定期舉辦全國臨床腫瘤醫師進修班和國家繼續教育項目全國性學習班。
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