北京大學腫瘤醫院胃腸腫瘤中心二病區擁有的胃腸腫瘤診療和研究團隊，比肩國際胃腸診療中心。共開放床位29張，專長于進展期胃腸腫瘤的手術和綜合、早期胃癌的保留功能手術、低位直腸保肛手術等。主治病種包括胃癌、結直腸癌、胃腸道間質瘤和其他少見胃腸道腫瘤。在多學科討論的基礎上，為每一位患者制定和實施為合理的診療規劃。在中心主任季加孚院長的直接領導下，科室秉承北京大學腫瘤醫院的優良傳統，追求，不斷進步，在臨床、科研、教學等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持穩健、嚴謹工作作風的同時，走上了高速發展的快車道。科室人員結構：1、人員構成：主任醫師3人，副主任醫師6人，主治醫師7人，住院醫師2人，護理人員17人。2. 科室主要領導：胃腸腫瘤中心主任季加孚，科主任步召德，護士長趙旻。
科室特色包括：微創手術、外科、疑難手術、功能保留手術、快速康復、病人全程管理。
乳腺腫瘤內科是以進展期乳腺癌診治為主的專科臨床科室，現有主任醫師3名，副主任醫師1名，主治醫師5名，住院醫師2名，臨床護士20名，開放床位33張。科室以乳腺癌綜合為重點，包括化療、內分泌、靶向等，強調規范化基礎上的個體化，尤其對于復發轉移性乳腺癌的更有豐富的經驗和獨到的見解，診治水平在國內享有盛譽，是NCCN乳腺癌指南中國版內科部分執筆人之一，主持和參與多項國內外臨床試驗。乳腺腫瘤內科近5年主持或參與完成了多項國家自然科學基金、國家973項目分課題、北京市新世紀百千萬人才工程、首都醫學發展科研基金、教育部高等學校博士學科點專項科研基金、北京市衛生系統高層次人才培養計劃、國家“十二五”重大專項課題。發表文章百余篇，其中SCI文章三十余篇。
北京大學腫瘤醫院放療科始建于1976年，同年，我國臺直線加速器在這里自主研制成功。
放療科2000年即在國內較早開始開展三維立體定向適形放療， 2004年在北京市率先開展三維適形動態調強放射，迄今采用調強放療技術患者超過13000例，并取得良好的療效。2008年放療科引進了具有功能的后裝機、大孔徑CT定位機和20套先進的計劃系統， 2009年國內臺VMAT在我放療投入使用;2011年國內臺True Beam投入使用;2012年引進國內首套大孔徑核磁定位系統放射，在放療設備的配置方面達到了國際先進水平。
我院手術室是為患者提供手術的外科臨床平臺科室，是北京大學腫瘤醫院打造國際化腫瘤專科醫院的重要戰略支撐。現有24個手術間，每年開展2萬余臺各類惡性腫瘤手術，包括胃癌、肺癌、乳腺癌、結直腸癌、食管癌、肝癌、腹膜后腫瘤、卵巢癌、胰腺癌、宮頸癌、前列腺癌、膀胱癌、腎癌、骨與軟組織腫瘤、頭頸腫瘤等各種常見及罕見的惡性腫瘤。依托于手術室先進設備及手術室護理團隊多年經驗，手術室護理團隊可熟練配合各項腫瘤常規及復雜手術。團隊在2D、3D、熒光腔鏡、超聲刀、Ligasure、ERBE等操作上具有豐富的臨床經驗;在術中超聲設備、自體血回輸設備、腹腔熱灌注化療設備、術中放療、胸科磁導航設備、人工心肺機等配合使用上也富有經驗。
