令狐恩強從事消化病及消化內鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術與理論創新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內鏡隧道技術，打破了傳統內科和外科的界限，將一些原本由外科手術治 療的疾病轉為內窺鏡下，且創傷極小、術后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領 先水平。
令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內鏡下技術的完善與普及做了大量工作，為中國的內鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。
令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當一名臨床好醫生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫生。
與外科手術比較，消化內鏡技術便是一種超級微創醫療技術。隨著臨床醫學與迅速發展的光機電信息科學、材料科學以及生物工程科學等領域高新技術的有機結合，有越來越多的手術在內鏡下完成，進而成為消化道疾病的常規方法。
