北京301醫院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內、國際公開發表的論文總數和國內論文被引用次數連續4年居全國醫院之首。
令狐恩強從事消化病及消化內鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術與理論創新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內鏡隧道技術，打破了傳統內科和外科的界限，將一些原本由外科手術治 療的疾病轉為內窺鏡下，且創傷極小、術后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領 先水平。
令狐恩強提出的診斷與治 療一體的LDRf分型記錄法，是全世界首 個覆蓋全消化道的靜脈曲張分型記錄法，在全國使用；提出的肝移植術后ERCP膽管狹窄的A/B/C/D 分型法對膽管狹窄的治 療具有一定的指導意義；提出的賁門失弛緩內鏡下I/II/III分型法、與黏膜粘連度a/b/c/d/e/f分級法填補了國際空白，為消化內鏡隧道技術的適應證與禁忌癥的制定奠定了基礎。
令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當一名臨床好醫生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫生。
