北京大學第六醫院門診設有普通門診、專家門診、特需門診、中西醫結合門診、神經內科門診、多專家會診以滿足不同層次、不同問題患者的就診需求;還設有進食障礙、成癮行為、睡眠障礙、記憶障礙、行為分析治 療、精神疾病康復咨詢、心理、老年兒童等相關專業門診，以滿足就診者對專科或特殊方向的咨詢和治 療需求。
2014年10月23日，北京大學第六醫院被科技部、國家衛健委和總后勤部衛生部正式認定為國家精神心理疾病臨床醫學研究中心。由北京大學第六醫院牽頭并聯合北京大學心理與認知科學學院、中國依賴性研究所等共建單位共同組建的國家精神心理疾病臨床醫學研究中心，旨在針對臨床研究瓶頸問題，開拓臨床研究創新體系，建立以多目標、多任務研究方案為基礎的新型臨床研究模式;構建規范化、高質量的協同研究網絡和多中心研究平臺，開展多中心、大規模、高質量的精神心理疾病臨床研究，提高全國精神心理疾病預防、診斷、治 療和康復的綜合服務水平，切實解決臨床關鍵問題。
從實習醫生到主任醫師，劉琦醫生已經在北大六院工作了二十多年。每日查房看患者、調整方案、日常帶教、出門診以及作為科室副主任承擔一些科室管理工作，她的工作十年如一日。病房的住院醫三個月或六個月輪轉一次，經她帶教的住院醫也有幾百個了，幾乎沒有住院醫不喜歡她。
在兒童精神病學領域，致力于注意缺陷多動障礙(ADHD)和相關破壞行為問題的病因及發病機制、治 療、預后和成人期ADHD的系列研究，開展兒童孤獨癥、創傷后應激障礙、兒童精神分裂癥等兒童期重要精神障礙的臨床與應用基礎研究， 先后承擔國家自然科學基金、科技部“十一五”支撐計劃、973計劃、國家重點研發計劃、原衛生部、教育部、北京市科委等多項基金課題，在病因學、臨床評定和治 療方面均取得較為突出的成績。
