醫院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫技科室。
中國醫學科學院阜外醫院（以下簡稱阜外醫院），是三級甲等心血管病專科醫院，目前正朝向綜合型醫院轉型發展。阜外醫院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫學中心和全國國家醫學中心實質落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫療、科研、預防和人才培養于一體的醫學研究與教育中心。
阜外醫院始建于1956年，2009年中央編辦批復成立國家心血管病中心，正式形成“中心—醫院”一體化格局。本部阜成門院區總用地規模5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；門頭溝西山院區總用地規模7.33萬平方米，其中西山一期建筑面積3.7萬平方米；西山二期項目建設正在加速推進，建筑面積5.62萬平方米。
打造了全國性心血管疾病資訊平臺
中國心臟大會前身為北京國際心血管病論壇，自2004年首次舉辦至今已連續舉辦二十屆，通過搭建全球性的心血管疾病防治學術交流的舞臺，促進國內外業界同行互融互通，營造良好行業氛圍。自2005年起，阜外醫院已連續18年對外發布《中國心血管健康與疾病報告》，充分發揮咨詢平臺和專家智庫的作用，為我國心血管防治研究提供技術指導與評價，為政府制定相關政策與策略提供決策依據。除此之外，阜外醫院制定《高血壓防治基層實用指南》《中國高血壓防治指南》和《中國成人血脂異常防治指南》《心臟性猝死的標準》等行業規范文件。