投標保函辦理手續費（銀行保函）得根據辦理方式來定，如果企業自己去銀行辦理，交全額保證金，然后按照季度交手續費，大概在幾百塊不等，還有一種方式是通過占用第三方擔保公司在銀行的額度出的保函（分離式保函），這種保函跟企業自己去出保函效果一樣，出的保函上不體現擔保公司，只體現受益人、申請企業、項目名稱、保函金額和期限等信息，這種費用也是幾百塊，但是不用交保證金。
商業保函指的是，除了銀行以外，由其他商業機構出具的保函，一般出具保函的公司都是專業的擔保機構或商業機構的信用擔保。
商業保函也是包括了很多種的，比如預付款保、農民工工資支付保函、質量保函、投標保函、履約保函等，這些都是屬于商業保函。
商業保函的費用相對于銀行辦函要便宜很多，有的可能低于50%以上。這對于建筑企業來說，相對還是比較節約成本的。
履約保證金和質保金的區別：
，資金來源不同。履約保證金一般來自承包方的流動資金，在施工前付給發包方。質量保證金是發包方與承包方在建設工程承包合同中約定或承包方在工程保修書中承諾，在工程竣工驗收交付使用后，從應付的建設工程款中預留的用以維修工程在保修期限和保修范圍內出現的質量缺陷的資金。
第二，約束的目的不同。履約保證金的目的是擔保承包人完全履行合同，主要保證工期和質量符合合同的約定。履約保證金的功能，在于承包人違約時，賠償發包人的損失，也即如果承包人違約，將喪失收回履約保證金的權利，且，并不以此為限。質量保證金則更多的是一種約束工程質量的手段。
第三，保證金的比例和返還時間不同。履約保證金的比例為工程造價的5%-10%，具體執行比例由發包人根據工程造價情況確定，承包人順利履行完畢自己的合同義務，發包人必須全額返還保證金。質量保證金比例可參照政府投資的建設項目的要求按工程造價5%左右預留保證金，具體比例雙方可協商，在工程竣工驗收交付使用后開始計算缺陷責任期，責任期內承包人須認真履行合同約定的責任，到期后，承包人向發包人申請返還保證金。
履約保證金和投標保證金的區別：
，提交主體不同。投標保證金由所有投標人提交；履約保證金僅由中標人提交。
第二，保證金的期限不同。投標保證金應在招標文件規定的投標保證金期限內提交，一般在投標同時提交；履約保證金應在簽定正式施工合同前提交；投標保證金返還時間為簽定施工合同或提供履約保證時的第28天；履約保證金返還時間為工程經驗收合格之日或合同約定時間。
第三，法律后果不同。沒有按照招標文件提交投標保證金或所提供的投標保證金有瑕疵的，按廢標處理；提交投標保證金但違反下述方投標保證金的兩種情況之一，沒收投標保證金；沒有按招標文件要求提交履約保證金的，將失去訂立合同的資格，并沒收投標保證金。提交履約保證金方不履行合同，接受方可按合同約定沒收保證金，并不以此為限；接受方不履行合同，須向提交方雙倍返還履約保證金，并不以此為限。
第四，設立目的不同。投標保證金的目的是投標人在有效期內不能撤回其投標文件；一旦中標，必須在規定期限內提交履約保證金或簽署合同。履約保證金的目的保證完全履行合同，主要要保證按合同約定的質量和工期條款履行合同。