全宗原則：全宗是一個獨立的機關、組織或個人在社會活動中形成的全部檔案的有機整體。檔案整理要維護全宗的完整性，即同一全宗的檔案不可分散，不同全宗的檔案不得混淆。這有助于保持檔案之間的內在聯系，反映一個特定主體的活動全貌。比如，某企業的檔案構成一個全宗，其各個部門、各個時期形成的檔案都應歸屬于這個全宗，不能將該企業的檔案與其他企業的檔案混在一起整理。
有機聯系原則：檔案之間存在著各種內在的有機聯系，包括時間聯系、內容聯系、來源聯系等。在整理檔案時，要充分考慮和保持這些聯系。比如，按照年度順序整理檔案，可以體現檔案形成的時間脈絡；將同一問題、同一項目或同一事件相關的檔案集中在一起，則體現了內容上的聯系。通過保持檔案的有機聯系，能夠更好地展現檔案所反映的歷史事實和活動過程，提案的利用價值。
按來源分類
組織機構分類法：按照檔案形成的組織機構進行分類，將同一部門或單位形成的檔案集中在一起。如政府機關中，不同科室形成的檔案分別歸類，能體現各部門的職能和工作范圍，以及部門之間的協作關系。
作者分類法：以檔案的作者為分類依據，將同一作者形成的檔案歸為一類。對于個人檔案或一些特定作者群體的檔案，這種分類方法有助于了解作者的思想、工作風格和學術成就等。
結合實際使用需求
滿足利用者需求：考慮檔案的主要利用者是誰，他們通常會以何種方式查找和使用檔案。例如，對于企業的檔案，財務人員可能需要按財務科目分類查找財務報表，銷售人員可能更關注按客戶或產品分類的銷售記錄。因此，在確定主題和分類標準時，要盡量滿足不同利用者的需求，提案的利用效率。
便于檢索和查詢：分類標準應便于建立清晰的檢索體系，使檔案能夠通過關鍵詞、主題詞等快速檢索到。可以采用多級分類的方式，將大的主題進一步細分，每個類別都有明確的定義和范圍，避免分類過于籠統或模糊，以便于準確地定位和查詢檔案。
