有機聯系原則：檔案之間存在著各種內在的有機聯系，包括時間聯系、內容聯系、來源聯系等。在整理檔案時，要充分考慮和保持這些聯系。比如，按照年度順序整理檔案，可以體現檔案形成的時間脈絡；將同一問題、同一項目或同一事件相關的檔案集中在一起，則體現了內容上的聯系。通過保持檔案的有機聯系，能夠更好地展現檔案所反映的歷史事實和活動過程，提案的利用價值。
按來源分類
組織機構分類法：按照檔案形成的組織機構進行分類，將同一部門或單位形成的檔案集中在一起。如政府機關中，不同科室形成的檔案分別歸類，能體現各部門的職能和工作范圍，以及部門之間的協作關系。
作者分類法：以檔案的作者為分類依據，將同一作者形成的檔案歸為一類。對于個人檔案或一些特定作者群體的檔案，這種分類方法有助于了解作者的思想、工作風格和學術成就等。
考慮檔案形成背景和目的
了解形成主體：明確檔案是由哪個組織、部門或個人形成的，以及其主要職能和業務范圍。不同的形成主體會有不同的工作重點和主題傾向，這有助于確定檔案的主題和分類標準。例如，學校的檔案可能會圍繞教學、科研、學生管理等主題分類，而企業的檔案則會側重于生產、銷售、財務等方面。
分析形成目的：思考檔案形成的目的是什么，是為了記錄工作過程、總結經驗教訓、提供決策依據，還是為了其他特定的用途。檔案的形成目的往往與主題密切相關，例如，為了總結項目經驗而形成的檔案，可能會以項目名稱或類型作為主題分類的依據。
保持一致性和靈活性
一致性：在整個檔案整理過程中，要保持主題和分類標準的一致性，避免出現同一類檔案在不同部分采用不同分類標準的情況。這有助于建立統一的檔案管理體系，方便檔案的管理和利用。
靈活性：雖然要保持一致性，但也不能過于僵化，要根據檔案的實際情況和特殊需求，適當調整和靈活運用分類標準。對于一些難以準確歸類的檔案，可以設置 “其他” 類別作為兜底，但要盡量減少此類情況的出現，確保分類體系的科學性和合理性。
